پس از انقضاي مواعد (مهلتها) مذكور در ماده (۳) اين قانون، صورتحساب هايي كه در سامانه مؤديان ثبت نشده باشد، معتبر نبوده و قابل استناد در مراجع دادرسي مالياتي نخواهد بود.
تبصره ۱
ذي حسابان و مديران مالي دستگاههاي اجرائي موضوع ماده (۵) قانون مديريت خدمات كشوري مصوب ۸ /۷ /۱۳۸۶ و اصلاحات و الحاقات بعدي آن مكلفند در پذيرش اسناد هزينه اي، مفاد اين ماده را رعايت كنند.
تبصره ۲
سازمان مكلف است امكان راستي آزمايي صورتحساب هاي موضوع اين ماده را براي خزانه داري كل، ديوان محاسبات كشور و ساير دستگاههاي نظارتي حسب مورد فراهم كند.
تبصره 3
الحاقیصورتحساب هاي مشمولان تبصره (1) ماده (2) اين قانون از حكم اين ماده مستثني هستند.
تبصره 4
الحاقیاشخاص موضوع ماده (12) قانون ماليات بر ارزش افزوده مصوب 1400/3/2 با اصلاحات و الحاقات بعدي كه حجم معاملات سالانه آنها از مبلغ تعيين شده مطابق ماده مذكور كمتر باشد، مي توانند از معافيت موضوع ماده (14 مكرر) اين قانون استفاده كنند و در غير اين صورت مكلف به صدور صورتحساب الكترونيكي در سامانه مؤديان هستند و مشمول حكم اين ماده مي شوند.
تبصره 5
الحاقیسازمان موظف است صرفاً هزينه هاي داراي صورتحساب الكترونيكي را به عنوان هزينه هاي قابل قبول مالياتي موضوع فصل دوم باب چهارم قانون ماليات هاي مستقيم بپذيرد. مؤديان مي توانند مشروط به اعلام هزينه هاي فاقد صورتحساب الكترونيكي به عنوان هزينه قابل قبول مالياتي از طريق كارپوشه تجاري، نسبت به ثبت اعتراض به ماليات متعلق اقدام نمايند. سازمان موظف است هزينه هاي اعلام شده توسط مؤدي از طريق كارپوشه تجاري را مورد رسيدگي قرار دهد. عدم رسيدگي به موارد فوق بر اساس احكام موضوع مواد (156) و (157) قانون ماليات هاي مستقيم توسط سازمان به منزله تأييد هزينه هاي اعلام شده به عنوان هزينه قابل قبول مالياتي است. همچنين در صورتي كه اين موارد از طريق كارپوشه تجاري به تأييد فروشنده برسد، فروشنده تكليفي براي صدور صورتحساب الكترونيكي ندارد و مشمول جريمه هاي مربوط به عدم صدور صورتحساب الكترونيكي نمي شود.
تبصره 6
الحاقیهزينه هاي مؤدياني نظير عرضه كنندگان كالاهاي مستعمل كه به دليل ماهيت كسب وكار آنها، عمده خريد آنها از اشخاصي است كه امكان صدور صورتحساب الكترونيكي ندارند، مشروط به اعلام مؤدي از طريق كارپوشه تجاري، قابل پذيرش مي باشد و سازمان موظف است هزينه هاي فوق را مورد رسيدگي مالياتي قرار دهد. عدم رسيدگي به موارد فوق بر اساس احكام موضوع مواد (156) و (157) قانون ماليات هاي مستقيم توسط سازمان به منزله تأييد هزينه هاي اعلام شده به عنوان هزينه قابل قبول مالياتي است. فهرست مؤديان مذكور حداكثر تا پايان دي ماه هر سال براي سال بعد، توسط وزارت امور اقتصادي و دارايي تعيين و اعلام مي شود.
تبصره 7
الحاقیهزينه هايي كه مطابق ماده (5) اين قانون امكان صدور صورتحساب الكترونيكي ندارند از قبيل زيان تسعير ارز و واردات كالا و خدمات صرفاً با اعلام مؤدي از طريق كارپوشه تجاري قابل پذيرش هستند. همچنين اشخاص تجاري مكلفند آن بخش از درآمدهاي خود از قبيل صادرات و سود تسعير ارز را كه امكان صدور صورتحساب الكترونيكي مطابق ماده (5) اين قانون ندارند، در سامانه مؤديان ثبت نمايند؛ عدم ثبت درآمدهاي مذكور، مشمول حكم ماده (9) اين قانون مي شود.